以下の環境で業務APを運用していますが、重いサーバー側の処理でTimeoutしてしまいます。
以下の調整をしたのですが有効に作用しません。
Timeout時間の拡張方法をご存知の方、ご教授お願いします。

■サーバー側メソッド
RedHot Linux 5
PHP 5.1.6
Apatch 2.0
Codeigniter 1.7.2

■クライアント側アプリ
Flash Builder 4.5
Windows 7,8,10

■調整した設定
サーバー側 php.ini max_execution_time = 120
サーバー側 httpd.conf Timeout 120
サーバー側 phpプログラム内 set_time_limit(120);