binディレクトリができているということは、
FDSのプロジェクトではないように思います。

基本のFlexプロジェクトは、ワークスペースにbinが作成され、
htmlやswf等が生成されます。

一方FDSのプロジェクトの場合は、
デフォルトのワークスペース(\My Document\Flex Builder 2\%PJ名%)
にソースコードが、
APサーバのwebapps/flex/%PJ名%などのディレクトリに、
htmlやSWFもしくはMXMLが書き出されます。
(binに生成するかわりに、APサーバのディレクトリに生成するイメージ)

一度、FDSのみのプロジェクトを作成してみてください。

引用：

プロジェクトルートの/bin、/srcは、Tomcatプロジェクトを上書き
する形で新規作成したときにできるディレクトリですので、Flexと
は関係ないようです。（Tomcatプロジェクトには、/bin,/srcがある）
Eclipse上の表示も、FlexプロジェクトではなくJavaプロジェクト
のアイコンで表示されています。


引用：

なるほど。私の場合、Flexプロジェクトを直接C:\Program
Files\Apache Software Foundation\Tomcat 5.5\webapps\flexhoge1
に入れているため、\flexhoge1\flexhoge1ができているのですね。
気になるのが、flexhoge1/にも*.mxmlができており、しかも更新
はflexhoge1/flexhoge1.mxmlが更新されています。
※通常はflexhoge1/flexhoge1/flexhoge1.mxmlが更新されていく
　ようです。

環境作成がもっと簡単に作成できることがわかりました。
（但し、サーバーコンパイル）以下、手順です。

1.[新規]-[Tomcatプロジェクト]を作成
2./WEB-INFにflex.warの/WEB-INF以下をインポート(D&DでOK)
3.プロジェクトにFlexプロジェクトの特性を追加（サーバーでコンパイルする）

以上！！！
挙動を見る限り、2.の内容でFDSの利用に必要なファイルが用意され、
3.を行うことで<ProjectRoot>/.projectの内容にFlexに関する設定
を記述されます。

残念ながら、ローカルコンパイルでの環境はうまくいきません。
エラー内容は「MessageingError message='Unknown destination cacltest'」
※cacltestは、サンプルのJavaClass。
ですが、仮に3.でローカルでのプロジェクト特性の追加を実行した
場合でも、<ProjectRoot>/***.mxmlに直接アクセスしてサーバー
側でコンパイルさせれば正常に動作しました。

もしかするとローカルでコンパイルすること自体に問題があるよう
な気がします。気になる点として、ローカルでコンパイルした場合
とサーバーでコンパイルした場合で、作成されたswfファイルのファ
イルサイズが異なる点があります。
ファイルサイズの件も含めて、気になる点をいかに列挙しました。

■気になる点
1./binの中にJavaクラスファイル(/WEB-INF/classes/*.class)が
　作成されない為、<ProjectRoot>/WEB-INFの内容を丸ごと/bin
　にコピーしたけど、ダメ。
2./binのswfファイルと、.mxmlがサーバーでコンパイルされた
　結果できたswfでファイルサイズが異なる。

以上です。

解決しました〜 ♪♪♪

/bin/*.html実行時のリクエストをキャプチャしたところ、
HTTP/1.1 404 /messagebroker/amf
これでgoogleしたところ
このような情報源を発見しました。
http://d.hatena.ne.jp/masakas/searchdiary?word=*%5BFlex2%5D

やはりコンパイル時のパスが違っていたようです。
[プロジェクト]-[プロパティ]-[Flexコンパイラ]
コンパイラオプションに

-context-root /flex

を追加してコンパイルしなおされるとローカルコンパイルでもサーバコンパイルでも
ちゃんと動くようになりました。

一緒に考えてくださったみなさん、どうもありがとう！

長文書いたのに･･･消えちゃった･･･ToT

えぇ、気を取り直して、yukariさんおめでとうございます
私のところでも試してみましたが、見事ローカルコンパイルの結果
でうまく動作しました。
yukariさんの解決方法を踏まえた上での環境の作成方法は以下の手順
になりました。

1.[新規]-[Flexプロジェクト]
　Flexデータサービス-Flex Buliderでアプリケーションをローカルにコンパイルする
　ルートフォルダ：C:\Program Files\Apache Software Foundation\Tomcat 5.5\webapps\fdshoge
　ルートURL　　 ：http://localhost:8080/fdshoge/
　プロジェクト名：fdshoge
　プロジェクトコンテンツフォルダ ※ルートフォルダと同じ
　　　　　　　　：C:\Program Files\Apache Software Foundation\Tomcat 5.5\webapps\fdshoge
2.Flexプロジェクト右クリック[プロパティー]-[Flex コンパイラ]追加コンパイラ引数に "-context-root /fdshoge"を追加
3.Flexプロジェクトを削除（但し、コンテンツを削除しない）
4.[新規]-[Tomcatプロジェクト]
　プロジェクト名：fdshoge
　プロジェクトコンテンツ
　　　　　　　　：C:\Program Files\Apache Software Foundation\Tomcat 5.5\webapps\fdshoge
5.Tomcatの設定ファイルの編集
　{TOMCAT_HOME}\conf\Catalina\localhost\fdshoge.xml
　
　<Context path=”/fdshoge” reloadable=”true”docBase=”C:eclipseeclipse3.1workspaceflex”workDir=”C:eclipseeclipse3.1workspaceflexwork”privileged=”true” antiResourceLocking=”false” antiJARLocking=”false”>
　　<Transaction factory=”org.objectweb.jotm.UserTransactionFactory”jotm.timeout=”60″/>
　</Context >

なお、2.の追加コンパイラ引数は、4.Tomcatプロジェクトの作成を行ってからでは、
プロパティーメニューからなくなっているので、間違えて追加設定せずに進んで
しまった場合は、<ProjectRoot>/.actionScriptProperties の"compiler additionalCompilerArguments"
に設定が記述されているので、ここで追加することで対応できます。


管理者の皆様へ：
上記環境にてFlex-JavaをRemoteObjectで連携できる簡単なサンプルプログラムが
あるのですが、FxUGのどこかにアップロードして共有することは可能でしょうか？

連投ですみません。
もうひとつの開発環境の作成方法です。これは、Flexプロジェクト
の特性を追加で行う方法です。

1.[新規]-[Tomcatプロジェクト]を作成
2./WEB-INFにflex.warの/WEB-INF以下をインポート(D&DでOK)
3.プロジェクトにFlexプロジェクトの特性を追加
4..actionScriptPropertiesの<additionalCompilerArguments>に
　yukariさんご指摘の"-context-root /<ProjectRoot>"等を追加。

これで連携の確認取れました。
ただ、このやり方は懸念事項があります。Flexプロジェクトの特性
を追加というのは、どうもFDSを使用しないFlexプロジェクトの各種
設定を指定プロジェクトに追加するもののようです。

今回私の方でありました"サーバーコンパイルはOKでクライアント
コンパイルがNG"というそもそもの原因はmxmlをコンパイルする時
のコンパイルオプションの差異によって発生しているものと思われ
ます。
このことより、FDS使用のプロジェクト（ローカルコンパイル）の
additionalCompilerArgumentsと、特性追加で追加されたadditionalCompilerArguments
の追加コンパイルオプションを比べてみたところ、差がありまし
た。（以下参照）
コンパイルオプションの詳細を調べてみたわけではないのですが、
差が発生していることを考えると、FDSを使用するプロジェクトの作
成はFlexプロ新規作成->コンパイルオプション追加->Tomcatプロ新
規作成の方が無難かもしれません。

特性の追加で"Flexプロジェクトの特性追加(FDS-ローカル)"がある
といいですよね〜。それと、ローカルでコンパイルの場合でも
-context-rootをプロジェクト名でデフォルト指定してくれると
便利だなぁ〜と思いました。



■通常のFDSプロジェクト
<compiler additionalCompilerArguments="-services "C:\Program Files\Apache Software Foundation\Tomcat 5.5\webapps\flex\WEB-INF\flex\services-config.xml" -locale ja_JP" copyDependentFiles="true" generateAccessible="false" htmlExpressInstall="true" htmlGenerate="true" htmlHistoryManagement="true" htmlPlayerVersion="9.0.0" htmlPlayerVersionCheck="true" outputFolderPath="bin" sourceFolderPath="" strict="true" warn="true">

■プロジェクト特性追加の場合
<compiler additionalCompilerArguments="-locale ja_JP" copyDependentFiles="true" generateAccessible="false" htmlExpressInstall="true" htmlGenerate="true" htmlHistoryManagement="true" htmlPlayerVersion="9.0.0" htmlPlayerVersionCheck="true" outputFolderPath="bin" strict="true" warn="true">

今回特性追加で動作させた方法は、通常のFDSのコンパイルオプショ
ン＋-context-rootを合わせたものを設定しました。-context-root
以外のものもどれが抜けてたらNGとかを調べられてないので、とり
あえず丸ごとコピーしてる次第です。

>管理者の皆様へ：
>上記環境にてFlex-JavaをRemoteObjectで連携できる簡単なサンプルプログラム
>があるのですが、FxUGのどこかにアップロードして共有することは可能でしょうか？

hirossyと申します。
ぜひぜひお願いします。

皆さんのやり取りを見て、FDSの設定ができましたっ！
でも、実際にmxmlからクラスを呼び出す方法がわかりません。

サンプルみたいです！！

ぜひぜひお願いします。

>hirossyさん

サンプルはSourceforge.jpにアップしてあります。
取得の方法は、以下の資料にありますので、CVSで取得して下さい。

http://www.fxug.net/howto/CVSanonymous.htm

さんぷるの名前は、"fdshoge5" です。

nobuさんありがとうございます。

さっそく取得させていただきました！
そして動かせました！

ほかにも
AmazonViewerなどすんごくやってみたかったので、
ほんとにビンゴです！！