こちらのフォーラムには初めて書き込みさせてもらいます。

Flexをはじめてからどうにも背景が白なのが気になっていて、黒にしてみたのですがコメント、
予約語などの色が変更できませんでした。
もしかして変更できないのでしょうか？

と言うか背景を黒にしようとする人自体、いないのでしょうか・・・。

これは簡単にはできないのではないかと思います。
プラグインのフォルダの
com.adobe.flexbuilder.editors.common
の中の common.jar に含まれる Colors.xml に色の指定がありますが、
これが使われているのかもしれません。（確証はありません）
これを編集して色が変わるのかどうかも不明です。

実際に編集してみました。
MxmlComponentTag,CssCommentを#009900にしてみた所、実際に変りましたので、実際にColors.xmlの色指定が使われているようです。

neworderさん、k-wadaさん、ありがとうございます！
オプションで変えられるはずだと思い込んで、必死で色々試していましたが
教えてもらえなかったらたぶん一生分かりませんでした。
本当にありがとうございました。